1951年1月，福建省卫生厅直属医院(1949年8月由接管的国民党军联勤第二肺病疗养院改编，位福州西郊后县)改编为第十兵团直属医院。

1954年底，改编为中国人民解放军第九十三医院。

1959年1月，扩编为福州军区总医院，500床位，定额500名。

1985年9月，改称南京军区福州总医院。