福清市档案馆与福清市档案局合署办公，履行全市档案事业行政管理和市级各机关、团体及其所属单位的档案保管、利用两种职能，为市委、市政府直属机构，属市委序列，由中共福清市委直接管理．福清市档案局（馆）内设机构有办公室、监督指导科、保管技术科、编研利用科等４个部门，总编制１８名，领导职数２名，现有干部１０名．市档案局（馆）现任局（馆）长为吴绪兴，副局（馆）长为薛云贵．

市档案局（馆）前身为福清县档案局（馆），县档案局成立于1９８１年１１月６日，县档案馆成立于１９５８年９月１２日，１９９０年１２月改称为福清市档案局（馆.