院内部机构设有办公室、党群工作部、技术部、财务部四个管理部门，下设区调所、矿产一所、矿产二所、环境物探所、地球化学调查所、数字信息中心、地质遗迹调查评价中心等七个二级单位。取得区域地质调查、水工环地质勘查、固体矿产勘查、地球物理勘查、地球化学勘查、地质灾害危险性评估和地质灾害治理工程勘查等7个甲级资质，遥感地质勘查乙级资质，勘查工程施工、测绘2个丙级资质；拥有建国以来我省全部基础地质调查、地球物理调查、地球化学调查的原始资料、成果资料和实物资料。

建院以来，本着“立足八闽、服务海西”的理念，承担完成了基础地质调查、矿产资源勘查等各类项目200余个。坚持以“科学管理、保证质量、持续改进、顾客满意”的质量方针规范各项地质勘查工作，已提交评审的国土资源大调查等46个省部级重点项目优良率达100%，获优秀的18项。主动融入海峡西岸经济区建设大潮，着力为国土资源管理提供技术支撑，承担编制了《福建省矿产资源总体规划（2001－2010）》、《福建省“十一五”矿产资源开发利用专项规划》、《福建省地质勘查规划（2006－2010年）》及部分市、县矿产资源规划，第二轮福建省矿产资源总体规划正在编制中；承担编制了近30个县（市、区）地质灾害调查与区划及地质灾害防治规划。协助地方政府成功申报福建泰宁世界地质公园，漳州滨海、泰宁大金湖、晋江深沪湾、德化石牛山、屏南白水洋5个国家地质公园和福州寿山国家矿山公园，承担了宁德核电、福清核电厂址，京福高速公路、温福铁路、入闽战备公路等重大工程选址地质调查。完成了台湾省矿产地数据库、地质矿产文献数据库、台湾省1∶5万地质图空间数据库建设，以及台湾省地质构造与地质灾害遥感调查等；中国地调局下达的“台湾省矿产资源潜力评价工作”，也在有序进行中。是祖国大陆拥有台湾省地学信息最完整的单位。

建院伊始，我院以争创国内一流地质调查研究队伍作为奋斗目标，自我发展能力不断增强，三个文明建设取得了显著成绩。2006年被省直机关评为省直机关第九届文明单位，2007年获得省总工会颁发的“福建省五一劳动奖状”；2007年被国土资源部授予“全国地质勘查行业先进集体”荣誉称号；2007年获得省七个厅局共同颁发的首届职工技能竞赛“地质找矿”团体优胜奖；2008年获得省总工会颁发的“工人先锋号”称号；2008年院工会被省总工会评为“福建省模范职工之家”；2009年被省委、省政府评为“福建省第十届（2006-2008年度）文明单位”；2009年院团委被团省委评为“福建省五四红旗团委”；2010年被国土资源部中国地质调查局评为“首批省级公益性地质调查队伍能力建设评估A级单位”；2010年院西藏项目组获得团省委颁发的“福建青年五四奖章（集体）”。