福建海洋研究所是福建省科学技术厅直属的综合性海洋研究开发机构，设有海岛海岸带研究中心、海洋地质、海洋水文、海洋化学、海洋环境科学研究中心、海洋生物、援外国际培训中心等业务科室和教育部、福建省海洋环境科学联合重点实验室。本所已取得实验室资质认定证书，具有科学完善的管理体系，同时拥有海域使用论证资质（乙级）、测绘资质（乙级），在海岛海岸带管理、海洋信息系统、海洋地质、港口工程、海洋水文、海洋环境、海洋化学、海洋生物、海洋生态等领域具有优势和特色。