民国11年12月，北洋直系军阀吴佩孚派第二师师长孙传芳为援闽军总司令，第十二师师长周荫人为副总司令，率所部攻闽，王永泉无力抵抗，归附直系。民国12年4月，孙传芳在福州就任福建军务督理(全称为“督理福建军务善后事宜”)。民国13年5月，北京政府改任周荫人为福建军务督理。

福建督理公署仍设于原督军署。在孙传芳督闽时，沿用原有机构与人员，无大变动。周接任后改组督理公署，设军务、军需、军法三课及陆军审判处，重新任命参谋长、秘书长与各课、处长。