清宣统三年(1911年)九月十九日(公历11月9日)，福建革命党人在福州起事，当晚宣告福州光复。九月二十三日，在清总督署大堂(今省府路工交大院)举行福建军政府成立典礼，福建同盟会授予参加起义的清新军第十镇统制孙道仁以“中华军政府闽都督之印”。民国元年(1912年)7月12日袁世凯正式任命孙道仁为福建都督。都督府设参谋长、军政秘书长、高等顾问、参事等幕僚，主要办事机构为军务司，另有参谋司、行政秘书处等。全府官佐职员138人。军务司辖卫队、陆军医院、陆军监狱等。民国2年12月，孙道仁奉调赴北京，刘冠雄兼福建都督，月底裁去福建都督之职。