对中医歧视、摧残最酷的莫过于国民党政府。

1929年2月，国民政府召开第一届中央卫生委员会议，通过了西医余云岫等提出的“废止旧医(中医)以扫除医药卫生之障碍案”，另拟“请明令废止旧医学校案”呈教育部，并规定了6项消灭中医的具体办法：

1、施行旧医登记，给予执照方能营业，登记限期为一年。

2、限五年为期训练旧医，训练终结后，给以证书。无此项证书者停止营业。

3、自1929年为止，旧医满50岁以上、在国内营业20年以上者，得免受补充教育，给特种营业执照，但不准诊治法定传染病及发给死亡诊断书等。此项特种营业执照有效期为15年，期满即不能使用。

4、禁止登报介绍旧医。

5、检查新闻杂志，禁止非科学医学宣传。

6、禁止成立旧医学校。

这就是历史上臭名昭著的 “废止中医案”。曾留学日本学习西医的余云岫，是废止中医派的代表人物。他一向攻击贬低中医学，把中医等同于巫术，甚至直指“中医是杀人的祸首”，必欲废止清除而后快。他对中医的处置办法是“废医存药”，中医废止，而中药作为医学研究资料尚可以加以利用。余云岫提出“废止中医案”的四点理由是：(1)中医理论皆属荒唐怪诞；(2)中医脉法出于纬候之学，自欺欺人；(3)中医无能预防疫疬；(4)中医病原学说阻遏科学化。他多次解释该提案是打算在五十年内逐渐消灭中医，一者任其老死，自然消亡；二者不准办学，使后继无人。因此，余云岫被世人讥评为“东西医奴隶”，成为千古罪人。

此案一出，人们热血沸腾，中医界空前大团结、大觉醒，在全国掀起了一场声势浩大的反废止风潮。上海名中医张赞臣主办的《医界春秋》，出版号外“中医药界奋斗号”，揭露余云岫等人的阴谋。3月2日，余云岫主编的《社会医报》竟然公然刊出了还没有宣布实行的“废止中医案”。这无异于火上浇油，双方剑拔弩张，直面对峙起来。几天内，数不清的各地中医药团体的质问函电飞向了南京政府。

1929年3月17日，全国17个省市、242个团体、281名代表云集上海，召开全国医药团体代表大会。会场上悬挂着“提倡中医以防文化侵略”、“提倡中药以防经济侵略”等巨幅标语，高呼口号“反对废除中医”、“中国医药万岁”。大会成立了“全国医药团体总联合会”，组成赴京请愿团，要求政府立即取消议案。上海中医药界全力支持大会，罢工半天并提供全部交通工具。同时，全国总商会、中华国货维持会、医药新闻报馆，以及南洋华侨代表等电请保存国医。社会公众舆论也支持中医界，提出了“取缔中医药就是致病民于死命”、“反对卫生部取缔中医的决议案”等声援口号。一时间群情激愤，运动的浪潮颇似“五四”运动在中医问题上的重演，可见废中医是何等地违背民心。为了纪念这次抗争的胜利，并希望中医中药能在中国乃至全世界弘扬光大，造福人类，医学界人士将3月17日定为“中国国医节”。

国民政府没料到会造成如此轩然大波，当时正值召开国民党第三次代表大会，叶楚伧、李石曾、薛笃弼等要人亲自接见了请愿代表并表示慰问。这迫使卫生部不得不公开表示对中医并无歧视，并面允代表：该提案虽获通过，但暂不执行；改称中医为国医；同意成立“中医学社”。

虽然这次斗争取得了一定胜利，但政府的反中医政策丝毫没有改变，废止中医一直在以变相的手法进行着。不久，教育、卫生两部通令中医禁止参用西药及器械；中医学校降格为中医传习所或中医学社，不准用学校的名称，以限制中医人才的培养；中医医院改为医室等。目的仍是企图逐渐消灭中医，全国医药团体总联合会尤为南京政府所忌恨。该会人力、物力、财力雄厚，动辄通电全国，号召力很强，是中医界与南京政府斗争的强有力的组织。1931年1月，国民党中央执行委员会以该会不符合法律强令解散。这再次激起中医药界的愤怒。2月1日，中医界在上海召开临时代表大会，有17个省市及南洋、菲律宾等223个团体的457位代表参加。这时的中医界已清醒认识到行政地位的重要性，于是明确提出中西医平等待遇，中医参加卫生行政，中医药改称国医国药，编纂中医药字典及教科书等，并再次派代表进京请愿。这次请愿的规模和声势较前一次更大，惊动了蒋介石。他先是煞有介事地答应代表，让文官处撤销两部公告。然而这不过是缓兵之计，代表们一撤，身兼教育部长的蒋介石马上以教育部的名义推翻了自己的诺言。

1930年3月，由焦易堂等人提议，仿照国术馆之例，在南京设立了中央国医馆，并在各省及海外设立分馆、支馆。它负责制订学术标准大纲，统一病名，编审教材，设有学术整理委员会和编审委员会。人们正奇怪呢，难道国民政府忽然热心起中医来了？其实是为了缓和中医界的愤怒情绪。国医馆的经济来源，名义上是国民政府每月支给五千元，但从第二个月起就减半发给，使得国医馆迟迟办不起刊物、开不起训练班，要靠分馆和各地中医界的接济来维持。这是一个半官、半民、半学术的特殊组织，是在特别情况下建立的畸形机构。它的建立曾使中医界欢欣鼓舞，但因受政府操纵，国医馆名为学术机构，实为政府的御用工具。所以国医馆成立后作为不多，形同虚设，曾受到中医界的尖锐批评。