通常病毒中的多肽分为结构多肽和非结构多肽。

非结构多肽不构成病毒粒子的组成结构，一般起到催化、调节的作用。 与其不同的是结构多肽作为病毒粒子的一个结构部分装配病毒粒子。一般是病毒粒子的主要免疫性抗原，抗原决定簇的主要载体。