合肥市滨湖新区建设指挥部位于滨湖新区紫云路与西藏路交口，2007年3月20日正式成立，根据合〔2007〕72号、合〔2007〕383号、合国委〔2007〕6号文件精神，滨湖新区党工委、滨湖新区建设指挥部对滨湖新区建设实行统一领导、统一指挥、统一协调、统一管理。为又好又快推进滨湖新区建设，按照扁平化管理的原则创新管理机制，滨湖新区建设指挥部办公室、巢湖风景名胜区管委会、滨湖新区建设投资有限公司实行合署办公，一个机构三块牌子。

滨湖新区建设指挥部代表合肥市委、市政府负责滨湖新区建设开发和招商引资工作；包河区负责建成区域的城市管理和社会管理工作，合肥市重点工程建设管理局负责滨湖新区社会配套项目建设工作。