防城港市气象局属科技型、基础性社会公益事业单位，既是上级气象部门的下属单位，又是市人民政府主管气象工作的部门，承担本市气象工作的政府行政管理职能。辖上思、东兴、防城三个县级。

防城港市气象局内设3个职能科室：办公室 、业务科（市人工影响天气办公室、气象行政执法办公室）、人事教育科（精神文明建设办公室）。

防城港市气象局内设5个直属事业单位：防城港市气象台、大气探测中心 、防城港市防雷减灾中心、防城港市气象科技服务中心 、财务服务中心。

防城港市气象局2001年3月荣获“自治区文明庭院”称号，2004年底荣获“自治区文明单位”称号，2008年8月荣获“防城港市文明卫生单位”称号，2009年2月荣获“全国精神文明创建工作先进单位”称号，2009年9月荣获“防城港市十佳文明单位”称号。