方祖荫，中国清朝官员，本籍中国安徽。之前担任新竹知县期间颇有治绩的方祖荫于1891年（光绪17年）接替吴本杰，于台湾以通判身分超格代理担任台南府知府。管辖约今台湾南部之嘉义县、嘉义市、台南县、市全境及高雄县部份区域（建省前之台湾县区域）。该区域面积约为4500平方公里，也是清治时期台湾岛之汉人集中地所在之一。

1895年，台湾遭中国清朝割让予日本，台湾士绅筹组台湾民主国，他则担任基隆厅同知，调兵抵抗日军。不过因为广勇溃散，他退入台北。之后，则不知所踪。