上世纪50、60年代，非洲掀起民族解放运动。1954年，阿尔及利亚爆发民族解放战争，并于1962年获得独立。在这场战争中，阿尔及利亚损失惨重。同时，100万在阿出生的法国人被迫返回法国，为殖民当局当保安的50万阿尔及利亚人也流落法国。

法阿之间曾有过长达130年的残酷和悲惨的历史。1830年法国人登陆阿尔及利亚，1905年阿变成法国殖民地，1945年5月法国镇压了君士坦丁暴动。1954年阿尔及利亚爆发了全国性的民族解放战争，1962年3月18日签署的埃韦昂协议结束了双方敌对状态，阿尔及利亚实现独立。持续8年的战争使法阿关系进入长期仇视状态。

上世纪七八十年代，法国总统德斯坦和密特朗对阿进行了访问，但双边关系一直未得到有效改善。1995年希拉克当选法国总统后，法阿关系开始有所松动。特别是2003年3月，希拉克对阿尔及利亚进行的国事访问，实现了两国和解，两国总统签署了“联合政治声明”，双方承诺要以戴高乐和阿登纳为榜样，建立像“法德联姻”一样的特殊伙伴关系。在此次访问中，希拉克曾表示，世界上很少能有国家像法国同阿尔及利亚之间具有这种复杂、深刻、血肉相联的关系。