多醚类抗生素的分子里含有众多的环状醚键。在它们的分子里具有直链的碳的主骨架，插入含氧的杂环。在分子的一端带有一个游离的核基、C-甲基、C-乙基。一系列的含氧的官能团（包括醚基、羧基、羟基和羰基），以及存在有半缩醛和半缩酮。例如：莫能菌素（monensin）就是一个饱和的多醚类抗生素，它在畜牧业和农业上获得了重要的用途。