东莞市第三人民法院于2009年1月1日正式挂牌办公。内设政工科、纪检监察室、办公室、研究室、机关服务中心、司法警察大队、立案庭、刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、民事审判三庭、民事审判四庭、行政审判庭、审判监督庭、执行局等15个部门和樟木头人民法庭、常平人民法庭、横沥人民法庭、清溪人民法庭等4个派出人民法庭。辖区包括樟木头镇、黄江镇、谢岗镇、常平镇、桥头镇、横沥镇、东坑镇、塘厦镇、清溪镇、凤岗镇。其中，樟木头人民法庭辖区为樟木头镇、黄江镇、谢岗镇；常平人民法庭辖区为常平镇、桥头镇；横沥人民法庭辖区为横沥镇、东坑镇；清溪人民法庭辖区为塘厦镇、清溪镇、凤岗镇。 目前该院现有在编干警135名，其中法官70人。在编135名干警中，具有本科以上学历的119人，占88.8%。

东莞市第三人民法院办公地址为东莞市塘厦镇花园新街45号。