东城区档案馆成立于1979年12月，与区委档案科（区档案局的前身）是一套机构、两个名称。既是区委的机构，又是区政府的机构。由区委办公室主任领导。区档案馆成立后办公地点先设在金鱼胡同10号，1981年底随区委、区政府迁至钱粮胡同3号。1992年区档案馆由钱粮胡同3号迁入外交部街甲28号（新址）。1983年10月，档案科（馆）成为独立机构。隶属中共东城区委。1985年11月，区委、区政府决定成立东城区档案局。区档案局既是区委机构，又是区政府的直属机构，列入区政府的编制序列，日常工作由一位副区长领导。区档案馆归口档案局管理，与区档案局为一套机构，两块牌子。2001年，东城区档案局与档案馆合署办公，转为区委、区政府直属相当于正处级事业单位。