以突变区每个位点的碱基为中心，在该中心两侧按照从左到右的顺序选取一定长度（15～25个碱基）的靶序列，合成与其互补的寡核苷酸片段作为野生型探针，然后将中央位点的碱基分别替换成其它三种碱基得到三个突变型探针。这四个探针之间只有中央一个碱基不同，分别以A、T、C、G表示，构成一组，可对这个位点的所有碱基替换突变进行检测。然后以下一个位点为中心，设计另一组探针。每组探针之间象叠瓦片一样错开一个碱基。这样N个碱基长的突变区就需要4N个探针。将4N个探针按中央碱基的不同，分别固化在芯片的A、T、C、G行，与扩增标记的靶基因片段杂交后，根据杂交信号的位置与杂交信号强度的对比，即可确定突变的类型（纯合突变或杂合突变）。针对靶分子另一条链上的突变区再设计4N个互补的探针与上述4N个探针一起固化在芯片上，即可同时检测靶分子上两条链的基因突变。