蛋白质序列指纹图谱基于多序列比对的结果，它由比对结果得到一系列相当保守的序列模体构建而成，用来表示蛋白质家族特征。

蛋白指纹图谱技术是由蛋白质芯片及分析仪器—表面加强激光解析电离飞行时间质谱两部分组成，可以将病人血清中蛋白质成分的变化记录下来，绘制成蛋白指纹质谱图，并显示样品中各种蛋白的分子量、含量等信息。通过这项技术，将来人们有可能拥有自己的生命光盘，记录下个人有生以来不同阶段的蛋白指纹图谱，从分子水平了解并观察自己的生理变化，或作为治疗前后的比对参照。