串列加速器升级工程部于2011年2月由原串列加速器升级工程部与串列加速器升级工程技术部合并成立。串列加速器升级工程部下设计划合同部、技术管理部、施工管理部、采购供应部、质量管理部、综合管理部、调试管理部、回旋加速器研制室、加速器工程设计室。现有职工60余人，其中工程院院士1人，研究员及研究员级高级工程师3人，高级科技人员13人，中级科技人员16人，初级科技人员19人。现任总经理张天爵，党支部书记张平发。

串列加速器升级工程部是院串列升级工程的管理部门，代表院行使对该工程的业主职能。主要负责工程的质量控制、经费控制、进度控制和安全控制。

串列加速器升级工程是国防科工委批准兴建的科研工程建设项目，建筑面积3774㎡，计划用七年时间建成。该项目利用现有的HI-13串列加速器及及物理实验设备，在其前端新建一台100MeV、200µA的紧凑型强流质子回旋加速器，一台质量分辨率为20000的在线同位素分离器；在串列加速器后端新建一能量增益为2 MeV /q的重离子超导直线增能器。该装置将填补我国中能强流质子回旋加速器、高分辨同位素分离器和超导直线加速器的空白，达到21世纪初期国际同类装置的先进水平，使我国成为少数几个拥有新一代放射性核束加速器的国家，成为在我国核科学技术领域开展基础和应用的创新性与先导性研究的平台。

串列加速器升级工程部还承担多项国家有关部委的重点项目，拥有强流负氢离子源、大型精密电磁铁、高稳定度大功率变频、大抽速低温真空、强流束流动力学并行计算等若干方面的技术优势，致力于发展强流回旋加速器、高功率脉冲加速器和高压倍加器等大型加速器设施及其在国防科技、核医学与放射医学、基础科研中的应用。