船冈站是JR西日本福知山支社在山阴本线上的管辖范围之最东端车站，从本站往西的园部起，就开始进入京都支社的管辖范围（昵称为嵯峨野线）。除此之外，因为嵯峨野线之外的山阴本线并不属于JR西日本所属京坂神地区的都会区铁路网——都市网络（アーバンネットワーク）的一部份，因此自本站开始往西旅客无法使用由JR西日本所发行的感应式智慧型储值车票ICOCA。
无人管理的船冈站是设置在一个由铁路路轨土堤所堆成的基础之上，因此可算是高架车站的一种。车站并无站房结构，旅客只需走上穿越轨道下方的行人阶梯地下道，即可直接进入月台。
西日本旅客铁道
山阴本线 园部 - 船冈 - 日吉