崇左市疾病预防控制中心是在原南宁地区卫生防疫站、原崇左县卫生防疫站基础上，随撤地设市，于2003年8月6日组建的副处级公益性卫生事业单位。组建后,崇左市疾病预防控制中心按照两项体制改革一体化的改革思路,参照全区兄弟单位的成功经验,结合新建崇左市的具体情况,与卫生监督所共同探讨改制思路,成功的做好固定资产及人员的划分、工作职能的确定，并与上划的原崇左县卫生防疫站进行整合，组建后，为使疾控工作全面有序的向纵深发展，崇左市疾病预防控制中心配备了一支团结务实，严谨求真、开拓进取、争创一流的领导班子，中心任主任由市卫生局副局长陈修荣兼任，领导班子由党支部书记、两名中心副主任组成。目前有在编职工81人，其中高级职称2人，中级职称38人，初级职称26人。设有职能科室5个和9个业务科室。中心现有工作用房3280平方米，其中实验室用房1037平方米，固定资产450多万元。拥有原子吸收分光光度计、气相色谱仪、全自动酶标仪、清板机、梯度PCR仪、电子分析天平等一大批先进精密仪器设备。

在崇左市卫生局的直接领导下及上级业务部门的指导下，崇左市疾病预防控制中心积极贯彻“预防为主”的疾病预防控制工作方针，依据有关法律、法规、标准和规范，负责传染病、寄生虫病、地方病、职业病和慢性非传染性疾病监测与调查处理；负责和承担重大疫情、重大突发公共卫生事件和不明原因疾病暴发的调查处理；负责组织开展与人体健康相关的食品、环境、放射、学校等卫生学监测与评价；承担卫生行政部门、卫生监督机构和社会委托的，监测检验工作；领导和指导辖区扶绥、江州、大新、龙州、宁明、天等、凭祥等五县一市一区疾病预防控制机构和江州区的疾病预防控制业务工作。

崇左市成立后，市委、市政府、市卫生局领导十分重视疾病预防控制工作，多次深入中心了解、指导工作，研究解决中心在工作中所遇到的问题和困难。市财政全额拔款，2004年财政拔款293.7万元，2005年财政预算294.8万元，有力的保证了我市疾病预防控制工作的顺利开展。在中心建设方面，市政府于2004年在城南区湖滨大道东段，无偿划拔13474平方米（20.2亩）土地作为我中心业务办公用地。我中心在新址利用自治区专项资金150万元，市政府配套资金50万元，共200万元，建设中心实验楼（面积2074平方米），目前实验楼已进行封顶，现已进入装修阶段。