陀罗尼发展到四、五世纪，密教史上发生了一次重大的变化，就是有人取手印与陀罗尼相配，把陀罗尼密典和大乘契经中的陀罗尼品改编成一种“每于一颂之内，离合咒印之文，虽复言同字同，实乃义别用别”的新形式的密教经典，这就是《持明咒藏》，意为总持明咒之藏。后来又在此基础上增加供养法、像法、曼荼罗法等，逐渐形成一套完备的密法体系，这就是继原始密教之后形成的早起密教---持明密教。

简单来说，持明密教是由起源于大乘，但渐趋独立的陀罗尼密教和明咒相结合的产物。