由大理院、总检察厅、平政院组成。大理院系沿用清末旧制，为“四级三审”制的最高审判机关。设院长一人，总理全院事务，并监督行政事务。置民事、刑事庭若干，各庭设庭长一人，监督本庭事务。审判采用合议制。其职权为管辖：①不服高等审判厅二审判决而上告各案件的终审；②不服高等审判厅决定（或命令）而抗告各案件的终审；③属于大理院特别权限各案件的初审、终审。

总检察厅也是沿用清末旧制，为最高检察机关。设检察长一人，监督总检察厅事务。设检察官二人以上，行使以下主要职权：①遵照刑事诉讼律，实行搜查处分，提起公诉，实行公诉，并监察判决的执行；②遵照民事诉讼律，为诉讼当事人或公益代表人，实行特定事项。

平政院为办理行政诉讼机关，成立于1914年3月31日。设院长一人，直属大总统，指挥、监督全院事务；评事十五人，分组三庭，行使以下各项审理权：①中央或地方最高行政官署的违法处分，致损害人民权利，经人民陈诉的。②中央或地方行政官署的违法处分，致损害人民权利，经人民诉愿至最高行政官署，不服其决定而陈诉的。但不得受理要求赔偿损害的诉讼。