柴油的降凝机理也可以认为主要有：晶核作用理论、吸附理论、共晶理论或三者协同作用。

①晶核作用理论

降凝剂在高于析蜡温度下结晶析出，它起着晶核作用而成为蜡晶发育的中心，使生物柴油中的小蜡晶增多，不易产生大的蜡团。

②吸附理论

降凝剂吸附在蜡晶周围，阻止进一步析出的蜡晶结合，使其不与烃组分一起形成三维网状凝胶结构，从而降低了生物柴油的凝点，达到改善流动性的目的。

③共晶理论

降凝剂分子有与石蜡分子相同的和不同的结构部分，相同的部分为烃链（非极性集团)，可与石蜡共晶，不同的部分(极性集团)则阻碍蜡晶进一步长大。

④晶核、吸附和共晶的协同作用

宋昭峥等人认为，降凝剂的上述3种降凝机理都可能存在。胡合贵等人还提出了抑制蜡晶中三维网状结构生成的吸附一共晶理论，认为降凝剂的作用机理取决于降凝剂的种类。