仓姑尼姑庵始建於明代，距今有五百多年历史，创建人为宗喀巴的弟子贵觉多旦。贵觉多旦生於一三八九年（藏历第六绕迥之土鼠年），卒於一四四五年（藏历第七绕迥之水牛年），享年五十六岁。

唐初，吐蕃赞普松赞干布为防止拉萨泛滥，按照佛学教义在此修一经坑。从此年复一年地在这里度经，以镇水魔。明朝时，高僧贵觉我旦到此，立志继承松赞干布的意愿，亦在这里度经，并修筑了寺庙。寺庙当时面积较小，仅一层有柱八根。其北间即是当年松赞干布的度经坑，南间供奉用黑石雕刻而成的松赞干布像及其生前用过的一个假面具。另外还供有无量寿佛、莲花生、多杰朗觉等泥塑佛像，寺旁建造八个以红土为奠基的手摇玛尼筒。当时寺里编制比丘尼不到十人。

据说，旧西藏的达官贵人和商户，都愿意将自己的妻妾、女儿送进寺内，进行一段佛教徒式的学习生活，以提高自己的佛教知识和文化水平，因而仓姑寺在拉萨女性信众中颇有影响。

清初，喇嘛帕崩卡又将此庵扩建，增高至两层，有柱十六根，并修有门廊，开有天窗。天窗四面全是壁画，中为宗喀巴，头戴黄色尖顶帽，双手结转法轮印，从双手生出两朵莲花，花朵开在以肩上；两侧为其弟子甲央卓玛、林圣赤惠、东巴卓玛、门拉以及帕崩卡像。庵内比丘尼增加到十人。後寺内每逢秋季，宗教活动减少时，清贫氟姑都要去山南、藏北的晨牧区化缘，或替人打工，挣取口粮。藏历新年，她们放假五天，由寺院供应吃喝，尼姑姐妹欢聚一堂，跳舞，唱歌，演藏戏，热闹非凡。

「文化大革命」中，尼姑庙惨遭破坏，寺内原藏文物流散。一九八二年政府拨款修复，基本恢复了原貌，仍保持两层建筑。尼姑庙坐北朝南，设有经堂、比丘尼宿舍、厨房。经堂内供有释迦牟尼佛像和从外地寺庙收藏的十三幅唐卡。一九八四年十月又将北间松赞干布度经坑依据原貌修葺一新。度经坑为东西向，平面呈梯形，上底宽一．一米，下底宽○．八七米，深一．五米；坑东即下底处有斜坡台阶四层，沿阶可下坑底。

尼姑庵现在编制比丘尼十二人，从事正常的宗教活动，主持为七十八岁的老笔丘尼丹曾桑姆。