北京大学深圳研究生院城市规划与设计学院的前身是北京大学深圳研究生院环境与城市学院。2009年6月，北京大学深圳研究生院根据北京大学建设“世界一流大学”和深圳研究生院创建“国际化校区”的目标要求，决定在环境与城市学院的基础上分别组建城市规划与设计学院和环境与能源学院。

组建城市规划与设计学院的目的是：发挥北京大学多学科优势，因应大珠江三角洲地区快速城市化成功经验，探索中国在全球变化背景下城市化的全新路径，把本院办成中国新城市化运动研究的先行者和推动者，成为北京大学培养城乡发展建设研究和专业技术一流人才的重要基地。为推进中国的城市化和可持续发展做出独特的贡献。

学院设有地理学（城市与区域规划）和地理学（景观设计学）两个硕士生招生专业，并依托北京大学城市与环境学院自然地理学和人文地理学两个博士点招收博士研究生。上述专业自2002年开始招收研究生以来，累计招收硕士研究生336人，博士研究生32人。目前学院全日制在校学生196人。

学院现有教员51人。包括常驻全职教员13人（其中教授8人、副教授2人、讲师3人）；北大本部任课教员15人（其中院士1人，教授6人，副教授8人）；外聘兼职教授14人，在站博士后研究人员9人。

学院设有深圳市重点建设的城市人居环境科学与技术实验室的地学基础、应用生态学和数字城市3个分室，深圳市循环经济重点实验室、北京大学—香港大学深港发展与创新研究中心、景观生态学与数字城市研究中心、中国城市设计研究中心、土地经济与房地产研究中心、生态修复与废物资源化技术研究中心及景观设计学系等科研和教学平台。同时，还设有具有独立法人资格的北京大学（深圳）国土与城市规划设计研究院。