安徽省足球运动协会成立于1992年，第一届主席为江孝鸿，秘书长为方桂清。在1996年曾与安徽乐普生有限责任公司合作成立了我省第一个职业足球俱乐部，1999年根据安徽足球事业的发展及深化改革的需要，安徽省足球协会成立了新的领导班子。 1999年省足协召开了全省足球谈会，创办了安徽首所足球学校，2000年安徽足球学校招生。2002年在安徽没有职业足球的情况下，省足协与有关方面联系，促成青岛海利丰足球俱乐部与合肥创亿置业有限公司合作，成立合肥创亿队，极大地满足了广大人民群众对高水平足球比赛的需求。同年安徽成立了本士足球俱乐部，安徽旋风足球俱乐部，后改名安徽九方足球俱乐部。

2000年-2005年安徽足协与中国足球协会合作，举办了多期足球教练员，裁判员培训班，承接中国足协U-15，U-17，U-19，U-21，及俱乐部预备队比赛，女足联赛，中甲，中乙足球联赛。2005年被中国足协评为优秀赛区，2006年评为最佳赛区。