北京医科大学口腔医院分院隶属于北京医科大学口腔医院，其前身是具有50余年历史的北京医学院附属口腔医院。
1985年，由于发展需要，扩建、搬迁至海淀区白石桥路38号，更名为北京医科大学口腔医学院。原西仕库旧址改名为北京医科大学口腔医院分院。1995年，应总体规划需要，分院迁址于西城区西仕库大街甲37号。
北京医科大学口腔医院分院以门诊临床医疗工作为主，日门诊量为500人次左右，内设口腔内科、口腔外科、修复科、正畸科、特诊科、综合科、放射科、理疗科和预防保健科等，设53台口腔综合治疗台，可对各种牙齿及口腔颌面部的疾病进行检查、诊断、手术及修复。
儿童牙科 口腔内科 口腔外科 口腔颌面外科 特诊科
修复科 牙体牙髓科 牙周科 预防保健 粘膜科
正畸科 综合科 颌面外科