2005年度，安徽省科技研究开发中心被安徽省科技厅、合肥国家高新区管委会共同指定的国家科技型中小企业技术创新基金的服务机构。本年度本公司辅导和服务的企业72家，申报创新基金项目52个，经国家批准立项的项目26个，企业项目申报成功率为50%，占全省列入国家创新基金项目总数的56.1%，企业获得国家创新基金资助1460万元。

2006年度，共有124家企业在本公司进行了注册，111家企业开展了项目申报，72家企业获得了安徽省科技型中小企业技术创新资金的资助，32家企业获得了国家创新基金支持，占全省列入国家创新基金项目总数的57.1%，获得国家创新基金资助1765万元。

2007年共有76家企业在安徽省科技研究开发中心注册，共有81家企业申报了项目（含以前年度注册的企业），其中已有28家企业获得了总金额为1650万元国家创新基金支持，占同期全省列入国家创新基金创新项目总数的44.4%，在我省现有的9个服务机构中名列前茅。

2008年共47家企业在安徽省科技研究开发中心注册，62家企业申报了项目（含以前年度注册的企业）。共有24家企业获得了总金额为1380万元国家创新基金支持，占同期全省列入国家创新基金创新项目总数的47%，在安徽省现有的9个服务机构中名列前茅。

2009年共85家企业在安徽省科技研究开发中心注册，100家企业申报了项目（含以前年度注册的企业）。在公布的2009年第二批项目中共有26家企业获得了总金额为1670万元国家创新基金支持。 另外，公司还主持撰写了奇瑞汽车“国家节能环保汽车工程技术研究中心”、安徽省科技厅的“安徽省创新创业公共服务中心建设项目”、合肥高新区管委会与解放军军事科学院“国家生物防护装备工程技术研究中心及产业化基地建设项目”、合肥市科技局的“合肥科技创新公共服务平台项目”、安徽创新新材料有限公司的“安徽新材料创业孵化中心建设项目”等公共平台建设的可行性研究报告。

同时，公司帮助企业申报科技部科技支撑计划、农业科技成果转化资金、国家与安徽省发改委的高新技术产业化计划、商务部的高新技术产品研发基金以及技改贴息等项目，共计服务项目近400个。其中，特种陶瓷纳米粉体表面改性及分散关键技术研究与应用示范工程、耐高温250℃高矫顽力烧结钕铁硼磁体、插层结构无铅热稳定剂、国家一类新药重组人血管内皮抑制素、轿车用WXH型涡旋式空调电磁离合器等一大批项目得到了有关政府部门的支持，资金总额近2.5亿元，受到了用户的好评。