安徽农业大学档案馆是安徽农业大学的直属机构。学校于1981年成立档案机构——档案科；1985年，设立综合档案室；2004年7月，成立档案馆，处级建制，设馆长1人。该馆现有专职档案人员5人，全部具有本科以上学历，其中两人是档案学硕士毕业生。两人具有高级专业技术职称，3人具有中、初级专业技术职称，全校各职能部门兼职档案员76人。

馆藏始于1934年。截止至2008年底，馆藏档案总数6万多卷（件）。集中统一管理党群、行政、教学、科学技术研究、基建、仪器设备、出版、财会、声像、个人学术、荣誉、实物等12个门类的档案。档案用房总面积为1000多平米。现配有计算机、激光打印机、扫描仪、空调机、复印机、去湿机、灭火器、吸尘器和温湿度计等现代化设备。

为更好地服务学校各项建设，该馆还加强了编研工作。目前主要编有《安徽农业大学年鉴》、《安徽农业大学画册》、《安徽农业大学档案工作规章制度汇编》和《安徽农业大学组织沿革》等一系列资料。

1990年12月，该馆在全省高校中率先晋升为“安徽省一级档案管理先进单位”；2007年3月，第4次蝉联“安徽省档案系统先进集体”光荣称号；2001年8月，国家档案局批准该馆为“科技事业单位档案工作目标管理国家一级单位” （档函[2001]94号）。

“十五”期间，在校领导的高度重视下，该馆各项工作都取得了长足的进步，已建设成为安徽农业大学档案保管基地、爱国爱校教育基地和档案信息资源开发利用中心。