非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)是一种较常用的聚类分析方法 ,最早是用来解决分类问题的。当用来重建系统发生树时 ,其假定的前提条件是:在进化过程中 ,每一世系发生趋异的次数相同 ,即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的。通过 UPGMA 法所产生的系统发生树可以说是物种树的简单体现 ,在每一次趋异发生后 ,从共祖节点到 2 个 OTU 间的支的长度一样。因此 ,这种方法较多地用于物种树的重建。

UPGMA 法在算法上较简单。聚类时 ,首先将距离最小的 2 个 OTU 聚在一起 ,并形成一个新的OTU ,其分支点位于 2 个 OTU 间距离的 1/ 2 处;然后计算新的 OTU 与其它 OTU 间的平均距离 ,再找出其中的最小 2 个 OTU 进行聚类;如此反复 ,直到所有的 OTU 都聚到一起 ,最终得到一个完整的系统发生树。