由于试作型高机动扎古测试的成绩令人非常满意，因此R型正式的量产型——MS-06R-1 高机动型扎古Ⅱ在略经调整（增加了推进剂的最大搭载量、改良了驱动部分及电气系统的设计）后迅速投入了量产。但火箭引擎出力增加引起的问题并没有得到很好的解决，所以R-1型只生产了22架，真正解决了这个问题的是R-1的改良型——MS-06R-1A型。 为了解决MS-06R-1的推进器故障频发的问题，在开发主任雷姆的强烈要求之下，MS-06R-1A采用了竞争对手兹玛德（ツィマッド）公司所开发的推进器；另外将R-1型的燃料槽改为弹筒式，又对机体的背部及脚部进行了优化处理，使整备性大为提高，强化了机体的一线作战能力。从6月开始，R-1A型共生产了56架，另有10架左右由R-1型改修而来，是R型中量产数目最多的，其出色的性能得到了很多王牌驾驶员的钟爱，甚至有“MS-06R-1A型是王牌才有资格驾驶的机体”的说法。

MS-06R-1M

本机的另一个衍生型号为，MS-06R-1M主要是为基茜莉亚少将麾下所属的突击机动军海军陆战队等部队制造的机体，是由部分R-1型及R-1A型改修而来，卸除了部分装甲以追求机体的轻量化，总计约生产了28架。

MS-06-R2

在MS-06R-1A型的基础上强化了脚部装甲，驾驶舱内部管理方式也进行了变更。由于在次世代主力机的竞争时输给了MS-09R，因此本型只生产了4架后计划就终止了。毕竟06型机体的性能已达到了极限，本型机的失败并不出人意料；但本型机的推进剂槽等相关问题、推进器的装甲防御等设计构想为以后MS-14S的设计提供了参考。 MS-06R-3S为MS-06R型系列的最终型。由于R-2型在与兹玛德公司设计的MS-09R 加大魔争夺次期主力MS的资格时竞争失败，本机纯粹成了后来的MS-14 勇士的实验机。设计人员之间常用“扎古Ⅲ”和“试作型勇士”来称呼本机。