FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性搜索程序。

程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索。但众所周知，使用这种策略会非常耗费工作时，为了提高速度，在实施耗时的最佳搜索之前，程序使用已知的字串检索出可能的匹配。在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数。它决定了字串的大小。增大ktup参数就会减少字串命中的数目，也就会减少所需要的最佳搜索的数目和搜索的速度。

从2.0版本开始，FASTA对每一个检索的比对都提供一个统计学显著性的评估。