保护遗传学是主要研究与灭绝风险相关的遗传因素以及如何利用遗传学管理方法降低物种灭绝风险的科学（FRANKLRAM R，2002），是保护生物学（Conservation biology）和分子遗传学(Molecular genetics)的交叉学科。

保护遗传学的主要研究目标是保护物种遗传多样性(Genetic diversity)和保持物种进化潜力(Evolutionary processes)。

其研究内容主要包括种群遗传结构(Population genetic structure)、近亲繁殖( Inbreeding)、遗传变异(Genetic variation)、基因流(Gene flow)、杂交(Hybridization)、迁移(Migration)、亲系关系(Kinship)、有效种群大小(Effective populationsize)、种群的亚分化(Population subdivision)以及进化显著单元(Evolutionary Significant Unit,ESU)的确定等方面（Avise J C.1994）。

主要技术：同功酶、限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphisms，RFLP)、DNA指纹技术(DNA fingerprinting)、微卫星(Microsatellite)扩增、随机扩增多态DNA(Randomamplified polymorphic DNA ,RAPD)及DNA序列测定(主要是线粒体DNA 上的一些基因片段)等。

研究方法：Patch-Scale Study；Landscape-scale Study。