瓯海区疾病预防控制中心2000年8月在原瓯海区卫生防疫站基础上组建，是政府实施疾病预防控制与公共技术管理和服务的事业单位，集疾病预防与控制、妇幼卫生与保健、卫生检测与卫生评价、健康教育与促进、业务培训与指导、技术咨询与服务为一体的新型疾病预防控制机构，是瓯海区疾病预防控制技术指导中心和技术咨询、服务机构。

疾病预防控制中心位于温州市兴海路37号，有工作用房1200多平方米，现有在编职工37名。拥有原子吸收分光光谱仪、气相色谱仪、液相色谱仪、细菌鉴定仪、100级净化室等高新仪器设备。2004年实验室通过国家计量认证，建有省卫生厅确认的艾滋病初筛实验室。

中心自组建以来，在党和政府以及卫生行政部门的正确领导下，认真贯彻党的路线、方针、政策和“预防为主”的卫生工作方针，坚持为人民服务的宗旨，面向农村，面向基层，进一步解放思想，与时俱进，抓住机遇，加强三个文明建设，积极推进预防保健体制改革，实施科技为本的策略，取得了显著成绩。全区传染病总发病率逐年大幅度下降，妇幼保健水平不断提高，疾病监测与卫生监测功能日益加强，健康教育工作稳步发展，预防医学科研硕果累累。全区消灭和基本消灭了天花、血吸虫病、丝虫病、白喉、脊髓灰质炎；控制了百日咳、麻疹、流脑、乙脑、地甲病、地氟病；全区法定传染病报告发病率较五十年代下降了97%；麻疹疫苗、百白破疫苗、脊灰糖丸、卡介苗等四苗接种率已在1996年通过全国以乡为单位儿童计免接种85%以上目标考核。2000年率先在全市推广计划免疫规范化门诊建设，多次在抗病救灾中获得先进称号，为保护全区人民的身体健康作出了应有的贡参考资料