菁芜洲镇位于通道侗族自治县中部，东与临口镇，下乡相邻，西与地阳坪、县溪镇毗连，南与双江、牙屯堡镇交界，北与江口、溪口镇接壤。辖兴菁居委会；菁芜洲、地朗坪、车控、地连、水南、里勇、寨头堡、銮塘、小江、马头、地会、八路、老王脚、江口、曹家冲、蒋家堡、九龙桥、芙蓉、坪溪19个村委会。

境内群山起伏，溪河环绕，海拔600米以上的山峰有5座，高峰塘头岭，海拔768.9米。双江河、羊须河、金殿河分别自南、北、西三方入境，流程23公里。32公里的县、乡道连接吉边乡镇，实现村村通公路。建有小（一）型水库1座、小（二）型水库4座，总库容量210多万立方米，有效灌溉面积达2000亩。金竹滩水电站装机750千瓦。芙蓉农家制作的腌菜，味道格外香醇，是制作扣肉的上等配菜。

菁芜洲镇以驻地村菁芜洲得名,解放前属绥宁蓉江乡,1951年划入通道第五区,1956年成立菁芜洲乡,1958年并入双江公社,1961年析出建立菁芜洲公社。1984年改乡，1999年9月撤消乡成立菁芜洲镇。