佟国器，清将领。满族佟佳氏。字汇白，辽宁抚顺人。隶汉军旗籍。佟养性之孙。顺治二年(1645)，授浙江嘉湖兵备道。顺治十年（1653）担任福建巡抚，主要从事福建之军政事务，品等约为二品。顺治三年（1646）担任福建左布政使晋按察使。偕副将张国兴擒捉叛将马士英、朱大定等。以功迁福建巡抚。顺治十二年(1655)，调南赣巡抚。以屯田安民心。出击郑成功于定关。后以劳卒官。

佟国器订旧增新完成了明朝末年佟卜年初定的《佟佳氏宗谱》。