自杀质粒（suicide plasmid）：通常为R质粒的衍生质粒，常有宿主范围广的特点，具有接合转移基因。它的复制需要一种特殊的蛋白，大多数细菌不产生这种蛋白质，因此，当进入寄主细胞时，要么不能复制，被消除，要么被整合入染色体上，和染色体一起复制。利用自杀质粒的这个特点，将基因工程技术构建的基因缺失的DNA片断，克隆入自杀质粒，利用缺失基因两端的同源片断，定位自杀质粒的整合位点。利用同源性DNA片断可发生重组的原理，构建精确基因缺失菌株。在多数情况下，利用自杀质粒，可随心所欲缺失大多数基因的任何部分。

用自杀质粒系统构建基因缺失工程菌，关键在于选择适当的自杀质粒，自杀质粒应具备以下条件：①自杀质粒在受体菌中不能复制；②自杀质粒必须带有一个在整合到染色体内以后可供选择的抗性标记；③自杀质粒带有易于克隆的多克隆位点。

正常情况下整合入受体基因组后可以组成型表达病毒基因组基因，严重影响宿主基因组复制，最终导致宿主死亡并且产生大量的质粒释放。故称之为自杀性质粒。

另参见 自杀载体