自然保护区的类型一般可以根据保护对象、保护性质、管理系统的不同而有不同的分类方法，概括起来有以下几种分类：

①根据自然保护区保护对象进行分类：具有代表不同自然地带典型的自然综合体及其生态系统或遭破坏急待恢复和更新的同类地区；具有本国特产的或世界性珍贵稀有物种，或具有重要经济意义而濒于灭绝的生物种的地方；具有其他特殊意义的地区，如水源涵养地、岛屿（鸟岛、珊瑚礁）、地质剖面、冰川遗迹等自然遗产所在地，或具有科学教育和文化上有必要保护的地方；具有自然历史遗迹、名胜风景或革命历史圣地等所在地外围的自然环境和文化景观的地区。

②按自然保护区的性质和任务进行分类：自然保护区，是保护或恢复自然综合体和自然资源整体为主的地区，在其所划定的范围内，严禁生产经营性的活动，也称永久保护区；国家公园、自然公园，是属于保护或恢复自然综合体的一种保护区，同时又具有园林性的经营管理，可做为旅游场所，也可包括一定的自然风景区，以及名胜古迹；禁猎区：包括禁猎区、禁伐区、禁渔区、储备地、动物生卵场保护区等，在一定时期内，规定保护和恢复某些特定的自然资源；原野地，一般指较偏的荒漠原野，很少有人为活动的影响，为长远考虑而划为保护区。

③按自然保护区管理系统进行分类：国家级，指由国家中央管理的保护区，如我国的四川卧龙、陕西佛坪及甘肃白水江自然保护区；地方级，指由省（区）、市、县管辖的保护区。

保护区的不同类型和保护区内的分区都是为了明确日常保护经营管理的方针和措施。保护区的分区管理不能认为保护区就是综合性经营或属多种经营的管理区。明确自然保护区不同类型的作用，可以避免对保护对象采取不适当的措施而引起不应有的损失。

必须强调的是，自然保护事业的范围远不限于保护区。自然保护区是保护、合理利用、监测和改造自然环境和自然资源整体的战略基地，是自然生态系统和生物种源的一个储备地，它象国家保护的历史文物一样，是国家保护自然历史遗产的重要设施，是当产建立保存各种主要自然生物群落的典型代表和特定的物种，使它不受任何干扰，供各方面长期的需要，是十分重要的储存库。自然保护区也是贯彻一个国家合理利用自然资源，特别是野生生物资源的方针和措施的样板。保护区对维护生态平衡、改善人类环境、保持水土、涵养水源起着积极的作用。