子囊菌门（Ascomycota）是一类真菌，可分成以下三个亚门：

外囊菌亚门 (Taphrinomycotina) 酵母亚门 (Saccharomycotina) 盘菌亚门 (Pezizomycotina) 子囊菌门是真菌界中种类最多的一个门，其中除酵母亚门为单细胞，其余种类都是多细胞的，有分枝、有隔的菌丝组成的；在无性繁殖时，会出芽或分生孢子；在有性繁殖时都能形成子囊，子囊内进行减数分裂生成孢子，单细胞种类子囊裸露，多细胞种类子囊包在子实体内，称为子囊果。

子囊菌门的真菌都是寄生或腐生，对人类生活非常重要的有酵母菌、冬虫夏草、青霉菌、可以食用的羊肚菌等，也有很多种为植物致病菌。