重庆医科大学儿科学院的前身儿科系是全国历史最悠久和最著名的四大儿科系之一。儿科学院设教研室10个。是卫生部、教育部指定的儿科系统编教材和教学大纲的主编和编委单位，重庆市重点示范课程单位。承担重庆医科大学各个学历层次的儿科医学教育，1990年设博士点，1992年建博士后流动站，2000年开始招收七年制本硕连读生。

重庆医科大学儿科学院位于重庆市渝中区中山二路136号，在市文化宫和少年宫之间。内设儿科医学研究所，重庆医科大学儿科医学研究所有10个研究室，中心实验室作为重庆市重点开放实验室面向全国开放。重庆医科大学儿科学院所在庆医科大学附属儿童医院以儿科医学研究所为依托，加速科技发展。近10年承担国家、部省级课题近200项，获奖35项。主编或参编专著80部，发表论文1658篇。医院创办的《儿科药学杂志》是面向国内外公开发行的国内唯一的专科药学刊物，创办发行的《儿童肿瘤》杂志在儿科界产生了较大影响。