狭义指种子由于结构或生理上的原因, 在一般认为适于发芽的条件下能发芽的，现象。也称内生性休眠、生理性休眠、实质性休眠, 习称深林眠。广义还包括种子因缺乏发芽需要的外界条件而呈现的强迫休眠。通常指狭义的休眠, 有以下几种类型: (1)种胚未成熟, 例如一种田鸡(Ilex opaca)种子成熟时种胚还是一团尚待分化的细胞。(2)种皮透水, 多见于豆科, 习称硬粒。(3)坚硬细致的种皮对种胚的生长有机械束缚力, 但多伴有其他原因。(4)种皮透气性差, 如苹果。(5)种胚休眠, 习称后熟, 其中有的发芽需要在湿润状态下经历一段时间的光照, 如桦木属和铁杉属的某些种; 有的需要在湿润状态下经历一段时间的低温, 如红松、桧柏等。由于这些特殊条件, 种子内部发芽抑制物质和发芽促进物质的相对平衡关系向着有利于发芽的方向变化。(6)双重休眠, 即上述两种或多种原因同时存在, 如白蜡。(7)继发性休眠, 由于环境条件不宜, 原休眠特性的种子出现休眠, 已经通过休眠的种子再度休眠。种子休眠是自然选择的结果, 有利于物种的生存繁衍。许多温带树种的种子有休眠习性, 热带海滩上的红树科树种则常有胎萌现象。休眠程度还取决于种子的成熟条件, 因此同一树种不同地区不同年份的种子, 休眠的表现一致。为了出苗迅速匀齐, 常需采取措施解除休眠, 除种皮造成的休眠外, 常用层积处理, 也有试用化学药剂或赤霉素处理的。