中性基因是一大类相对于显性基因而存在的遗传基因，平时它呈休眠状态，其携带的遗传信息不显现。但他能被一些内外因素激活显现，而当相关内外因素消失时，它又会恢复休眠状态。

中性基因变异

分子水平研究发现生物基因组中存在中性基因变异：不同等位基因间碱基序列存在差异，但无表型选择作用。中性基因频率改变不是选择压力引起，而主要是有遗传漂变引起。中性基因变异可能有以下几种情况：

1氨基酸序列改变、性状变异，但无选择意义（中性性状）；

2氨基酸序列改变，但蛋白质功能不发生改变（中性突变）；

3氨基酸序列不改变（同义突变）

现有分子水平的研究表明，中性基因往往比那些功能上重要的基因在物种间差异要大的多。也就是说：中性基因的进化速率快于功能上重要的基因。