微生物按照细胞核膜、细胞器及有丝分裂等的有或无，可划分为原核微生物和真核微生物两大类。

凡是细胞核具有核膜,能进行有丝分裂,细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等细胞器的微小生物,都称为真核微生物.

真核微生物有发育完好的细胞核，核内有核仁和染色质。有核膜将细胞核和细胞质分开，使两者有明显的界线。有高度分化的细胞器，如染色体、中心体、高尔基体、内质网、溶酶体和叶绿体等。进行有丝分裂。

真核微生物包括除蓝藻以外的藻类、酵母菌、霉菌、原生动物、微型后生动物等。