浙江中医药大学第二临床医学院的前身是筹建于2000年的浙江中医学院医学系，2004年与浙江省新华医院（其前身为浙江省建工医院）实行院系合一的办学模式，成立浙江中医学院医学系，2006年随着学校更名为大学和机构调整，设立浙江中医药大学第二临床医学院。

学院目前承担临床医学专业本科生的教学和学生管理工作，以及口腔医学专业的学生管理工作，同时还承担临床医学、中医学、中西医结合三个一级学科共26个专业的硕士研究生和中医学、中西医结合两个一级学科共8个专业的博士研究生的招生和培养工作。现有全日制在校学生1422人，其中临床医学专业本科855人，口腔医学专业本科313人，硕士研究生237人，博士研究生17人。学院开设专业课程30余门，设有16个专业教研室，1个临床技能培训中心，设有内科基础实验室、外科总论实验室等10个专业实验室，其中临床心理操作与训练实验室是浙江省财政重点建设实验室，建有OSCE标准化考试站，教学实验中心面积1280平方米，配有各类教学实验仪器设备247台（套），价值680余万元，在全省拥有三级以上的综合性教学医院和实习医院20余所。

学院现有教职工及医护人员960人（含直属新华医院），其中具有正高职称35 人，具有副高职称95 人；具有博士学位16 人，具有硕士学位133 人，博士生导师16人，硕士生导师90人。拥有浙江省名中医2人，浙江省“151人才工程”第一、二层次入选者4人，浙江省高校中青年学科带头人1人。近五年承担国家级项目6项，省部级项目18项，获省部级奖5项，厅局级奖14项，发表学术论文150 篇，主编专著（含教材）7部。