基督教是奉耶稣基督为救世主之名教派的统称，包括天主教、东正教、新教等。在中国，基督教一词通常是狭义的名称，专指新教。基督教的主要节日是圣诞节和复活节，前者纪念耶稣诞生，时间在12月25日；后者纪念耶稣死而复活，时间在3月下旬至4月下旬之间。

云南基督教主要有两大教派：新教和天主教。新教又称耶稣教，在信仰上与天主教大致相同，不同之处主要是：新教不承认玛利亚为天主之母，不承认有炼狱，不接受罗马教庭的统一领导。新教传入云南后，最早是清光绪三年，英国传教士麦卡锡（John M’ Carthy）从上海传入。后来，美国、加拿大和澳大利亚等国传教士相继入滇，并在少数民族地区传教。建国前，新教仅在一些民族中有较广泛的影响。建国后，云南新教爱国人士开展“三自革新”（自治、自传、自养）运动。现在新教在云南16个地州均有分布，为汉族、苗族、傈僳族、景颇族、彝族、佤族、怒族、独龙族、拉祜族和傣族等族的部分群众所信仰。

天主教传入云南是在明末清初。清康熙三十五年（1696年），云南建立天主教区。道光二十三年（1843年），云南天主教在今盐津县建立主教公署，并于1881年迁至昆明。1948年昆明教区升为“云南总主教区”。现在，云南天主教主要分布在昆明、红河、文山、大理、丽江、曲靖等地州市，为汉族、彝族、苗族、傈僳族和景颇族等族的部分群众所信仰，信教者约3万余人。