伊宁海关成立于1950年6月5日，前身是以伊犁专区税务局关税科为基础组建的中华人民共和国伊宁支关，下设伊宁机场、苏木别卡子和驻伊犁邮局三个办事处。1977年8月，更名为“伊宁分关”。1985年3月29日升格为正处级海关。1986年9月更名为“伊宁海关”。

伊宁海关位于伊宁市边境经济合作区北京路， 距市区3公里， 距伊宁机场7公里，距乌鲁木齐700公里。

伊宁海关现有干部职工29人，由汉、维、哈、回、锡伯五个民族的同志组成。关员的平均年龄为35岁，关员中大专以上学历29人，党员16人。

设有办公室、行财科、综合业务科、监管科、稽查科5个科室和都拉塔、木扎尔特（目前还未正式建关）两个科级海关。同时设有机关服务中心、乌鲁木齐海关驻伊宁培训基地2个事业单位。

监管区域为新疆伊宁市和巩留、伊宁、新源、昭苏、特克斯、察布查尔、尼勒克七县的海关业务，辖区面积5.06万平方公里，西面与哈萨克斯坦接壤，边境线长279公里。有都拉塔、木扎尔特两个国家一类口岸和伊宁二类口岸，都拉塔口岸距伊宁市70公里，木扎尔特距伊宁市350公里。

地址：伊宁市边境经济合作区北京路367号