医药工业废水是指制造抗生素、抗菌素、抗血清及有机无机医药等工厂排出的废水。废水的水量及水质按所生产药品的种类而不相同，但蒸馏和洗瓶等工段排出的废水基本相同。抗菌素、抗血清等生产废水除含有以动物器官为主的动物性废水和以草药为主的植物性废水外，一般均含有氟、氰、苯酚、甲酚及汞化合物等有毒物质，同时含有大量的BOD、COD（母液可达数万毫克/升）及胶体物质。废水的处理方法以沉淀生化处理（如接触氧化、延时曝气、活性污泥法及生物流化床等）方法为主。