序列数据库是分子生物信息数据库中最基本的数据库，包括核酸和蛋白质两类，以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容，并附有注释信息。序列数据库早期的数据主要由数据录入人员通过查阅文献杂志搜集，或者由科研人员用磁盘、电子邮件方式向国际生物信息数据库中心递交。数据中心对搜集到的序列数据进行整理、维护，并定期通过磁盘、磁带和光盘方式向全世界发布。序列数据库的序列数据来自核酸和蛋白质序列测定；注释信息包括两部分，一部分由计算机程序经过序列分析由计算机程序生成，另一部分则依靠生物学家通过查阅文献资料而获得。随着基因组大规模测序计划的迅速开展，序列数据库特别是核酸序列数据库的数据量迅速增长，数据来源主要集中于国际上几大著名的测序中心，如位于英国剑桥南郊基因组园区的Sanger Centre，华盛顿大学基因组研究中心等。我国于1999年参加国际人类基因组研究项目，已经于于2000年4月按计划完成人类基因组1%序列的测定。