新疆江发源于甘肃与新疆交界处，之后蜿蜒西流，至哈密转向北，穿过天山后流入准噶尔盆地，之后转西，流至克拉玛依后转向南，至奎屯折西，流经尼勒克、特克斯、昭苏，流入哈萨克斯坦。之后再次转南流入我国，经阿克苏、乌什、阿合奇、阿图什、喀什等地，消没于慕士塔格山附近。

新疆江是北疆地区最长、最大的河流，全长982.32千米，年流量9.23亿立方米。目前干涸严重，克拉玛依以下河段已完全断流。

新疆江的主要支流有马渡江、喀什河、准噶尔河等。