硝酸盐氮是含氮有机物氧化分解的最终产物。如水体中仅有硝酸盐含量增高，氨氮、亚硝酸盐氮含量均低甚至没有，说明污染时间已久，现已趋向自净。

此外，水中的硝酸盐也可直接来自地层。